Cơ quan đứng đầu triều đình về y học là Thái y viện chuyên lo chữa bệnh cho các thành viên trong cung đình. Đối với nhân dân, thường có các lang y ở các làng quê hành nghề chữa khám tư.

Lê Thánh Tông đề ra quy định giữ gìn vệ sinh an toàn thực phẩm và khám nghiệm pháp y khá nghiêm ngặt trong Luật Hồng Đức. Theo quy định, các nạn nhân bị chết trên đường mà thân thể có thương tích thì quan địa phương phải cho khám nghiệm pháp y rồi mới được chôn cất. Đồng thời, Lê Thánh Tông còn nghiêm cấm bán thịt hoặc chế biến thức ăn từ thịt thiu thối[3].

Hai nhà y học trong thời kỳ này là Phan Phu Tiên (đồng thời là nhà sử học) và Trạng nguyên Nguyễn Trực.

Phan Phu Tiên là tác giả sách Bản thảo thực vật toản yếu. Nội dung sách bao gồm các biện pháp chữa bệnh, nhưng chú trọng đến chế độ ăn uống hơn cả. Ông kê ra hơn 400 loại thức ăn động vật và thực vật ở Đại Việt và các công dụng của các loại thức ăn đó.

Nguyễn Trực có tác phẩm để lại là Bảo anh lương phương (Phương thuốc hay để bảo vệ trẻ nhỏ) viết xong năm 1455. Nguyễn Trực đã nêu ra 5 phép khám bệnh cho trẻ em, đi sâu vào bệnh đậu mùa và liệt kê 114 vị thuốc chữa bệnh này.